玻璃瓶装奶：通常采用巴氏消毒（pasteurization，也称巴氏灭菌）法灭菌。这种方法采用较低的温度（一般为60-82℃），并在规定的时间内对食品进行加热处理，既达到消毒的目的又不损害食品品质。由法国微生物学家巴斯德发明而得名。
纸盒的牛奶：市面上的纸盒牛奶大多采用超高温瞬时灭菌（ultrahightemperatureshorttimesterilization，又称UHT灭菌）法来灭菌。这是一种采用高温、短时间，使液体食品中的有害微生物致死的灭菌方法。这种方法不仅能保持食品风味，还能将病原菌和具有耐热芽孢的形成菌等有害微生物杀死。灭菌温度一般为-℃。灭菌时间一般为数秒。
其次，在营养上有差异，但差别不明显。
玻璃瓶装奶：鲜奶经过巴氏消毒后，除了维生素B1和维生素C略微有损失，其它成分和刚挤出来的牛奶差不多。
纸盒的牛奶：这种牛奶的消毒温度比巴氏奶高，营养损失相对较多，例如，一些热敏感的维生素（如B族维生素）会散失10%~20%，而且，在放置期间还会持续失去营养。
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另外，经过巴氏灭菌的玻璃瓶装奶需要进行冷藏，不像纸盒的牛奶那样有较长的保质期，价格上也比纸盒牛奶贵。
总之，这两种牛奶在营养上是存在一定差别的，但不是很大。到底要选择哪种，主要还是看个人实际情况。例如，有个方便储藏的冰箱，几乎天天会喝牛奶，经济条件也允许，喝玻璃瓶装奶挺不错的。如果不方便冷藏食物，又不定时想喝牛奶，那么，选择纸盒的牛奶或许会更好些。
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