从某一方面来说，牛奶是牛的母乳，只不过，现在母乳一词基本代指人类的母乳了。
不知道题主说的牛奶是配方奶/奶粉还是挤出来的鲜奶。先说说挤出来的鲜奶营养差异吧。
1、鲜奶营养成分对比
人类母乳和牛奶鲜奶的营养成分是非常丰富的，不仅富含各种种类齐全的氨基酸（合成蛋白质的单位）、脂肪酸（能量、细胞膜、部分体内激素的合成等各种组织需要）、维生素、矿物质、抗菌因子等，还有促进婴儿生长发育必不可少的生长因子、免疫球蛋白等等，毕竟是要提供全面的营养给婴儿和牛犊，非常全面，易吸收。
人和牛的需求不完全一致，因此一些具体的营养物质还是有差异的（可能会有过敏反应），但不妨碍牛奶依旧是替代母乳比较理想的产品。以前在奶牛场做实验的时候，我们试过给牛犊喝羊奶（羊奶有点臊味），小牛喝过一口后，就再也不喝了，还是倾向于牛奶，物种之间还是倾向于本来的。
人类母乳是最适合人类婴儿的食物，没有之一。而且，母乳会根据婴儿的生长，调整营养配比，如初乳免疫球蛋白比较多，后面的话，免疫球蛋白就很少了。
当然，这些说得都是刚挤出来不久的乳汁，牛奶也是，放久了抗菌因子会损耗，就会有细菌繁殖了。比方说牛奶挤出来还要经过巴氏消毒，延缓细菌生长。更大的考验是为了保存活性物质，这种鲜奶一般保质期短，尽量喝完。
至于说肠道菌群，牛奶和母乳不背这个锅，因为要严格控制细菌数，鲜奶中本来就有抗菌因子保护新生婴儿肠道免遭细菌的繁殖。新生婴儿肠道很脆弱，至少经过初乳之后建立初步的免疫系统后，才有能力慢慢容纳肠道菌群的繁殖，婴儿拉稀是很痛苦的事情。肠道菌群更多的是后天摄入的建立。
2、配方奶/奶粉成分对比
奶粉的话，或者说配方奶的话，因为都干燥消毒过了，很多活性物质物质都没了，营养也没有母乳齐全，但对婴儿的影响肉眼看不出来，因为基本的营养物质需求都能满足，也好在根据不同阶段有不同配方，比较省心。
所以从营养角度上建议，早期尽量用母乳，实在没办法，用鲜牛奶（如果不过敏），最后才考虑用奶粉或配方奶。
营养成分上，我找到这一张，国际母乳会的资料对比。
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